El BCIE fue el primer banco de desarrollo en atender el llamado de los gobiernos de la región para cubrir las necesidades de apoyo y financiamiento orientado a la prevención de la COVID-19 y la mitigación de su impacto económico. La multilateral puso en marcha el Programa de Emergencia de Apoyo y Preparación ante el COVID-19 y su reactivación económica en marzo de 2020 en beneficio de los países de la región que son parte del Sistema de Integración Centroamericana (SICA) y otros países extrarregionales.

Este contempló componentes de ayudas de emergencia, donación de equipos médicos, financiamientos al sector público y privado, créditos para la adquisición de vacunas, entre otros:

• Ayuda de emergencia con fondos no reembolsables (donación) por un monto total de US$8.0 millones, los cuales ya han sido entregados a los países del SICA.
• Compra y suministro regional de medicamentos y equipo médico para detección temprana del COVID-19, por un monto máximo de hasta US$2.1 millones.
• Financiar operaciones del sector público, se dispone de un monto de hasta US$600.0 millones distribuidos de la siguiente manera: US$400.0 millones para países SICA y US$200.0 millones para otros países extrarregionales. El programa podrá financiar operaciones elegibles, en el sector público soberano y no soberano, por hasta un monto de US$50.0 millones por país.
• Crédito para apoyar la Gestión de Liquidez de los Bancos Centrales con un monto de hasta US$1,000.0 millones y se podrá otorgar a cada país miembro fundador y regional no fundador.
• Apoyo al sector financiero, con un monto de hasta US$650 millones destinado a financiar operaciones estructuradas de los países elegibles, que contribuyan a la reactivación de las economías a través del uso de diferentes productos financieros. El enfoque principal estará en el apoyo al sector de las MYPIMES para fortalecer el tejido empresarial de la región. 
• El programa, incluye el apoyo específico a zonas de la región como la del Trifinio a la cual se le brindó US$ 25,000 para campañas de prevención y contingencia.
• Finalmente, facilidad de crédito para la adquisición y aplicación de vacunas por un monto de hasta US $800 millones, en el sector público soberano. 

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