México es socio extrarregional del BCIE desde el año 1992, con una participación autorizada de US$306.25 millones dentro del capital accionario del Banco y aportes de capital por US$76.56 millones, ubicándose como la tercera mayor participación accionaria dentro del grupo de socios extrarregionales con un 5.03%.
La contribución que canaliza México a la región centroamericana a través del BCIE se sustenta en varios instrumentos de cooperación financiera con el Banco Nacional de Comercio Exterior S.N.C. (Bancomext), por un monto total de US$520.8 millones.
La relación entre el Banco y esta nación se consolidó en el año 2008, con la puesta en marcha del Programa para el Desarrollo de la Vivienda Social en Centroamérica. Este se enmarca en el Proyecto de Integración y Desarrollo de Mesoamérica (antes Plan Puebla Panamá). Desde esa fecha, el gobierno mexicano ha dispuesto recursos para desarrollar un mercado sostenible de financiamiento a la vivienda de largo plazo en la región centroamericana, que atienda el rezago habitacional y las necesidades futuras en esta área. A lo largo de la existencia de este Programa, se han gestionado 59 desembolsos, a través de catorce instituciones intermediarias. En total, se ha canalizado el 192.7% del financiamiento inicial disponible, beneficiando a 8,032 hogares de bajos ingresos, que ahora cuentan con una vivienda más digna.