El Directorio es el órgano responsable de la dirección del BCIE. Ejerce todas las facultades que le ha delegado la Asamblea de Gobernadores y las de definir políticas operativas y administrativas, aprobar el presupuesto, así como los planes de corto, mediano y largo plazo y las operaciones activas y pasivas. Asimismo, determina la organización básica del Banco, ejerce el control de la gestión de la Administración y propone a la Asamblea de Gobernadores la constitución de reservas de capital. Actualmente está conformado así:
Secretario
Hector Guzmán
Auditor Interno
Francisco Rodríguez Navas
Oficina de Evaluación
José Efraín Deras
Oficina de Ética
Ricardo Arriaga